Anticamente la zona racchiudeva nei suoi confini monumenti di grosso peso per la lettura archeologica della città, come l'Ara Pacis, la "Basilica di Nettuno", il Pantheon e la colonna di Marco Aurelio, con una forma molto irregolare dato che una lingua del territorio arrivava (ed arriva tuttora) fin sotto il "Capitolium Vetus" (in prossimità dell'incrocio tra via del Quirinale e via delle Quattro Fontane).

La "via Flaminia", lungo la quale si assiepava la fastosità delle antiche architetture, la attraversava come un colpo di spada.

A nord, appena passato il "Lucus Lucinae", sorgeva l'Ara Pacis, il  più simbolico ed il più insigne per religione e fattura dei monumenti romani.

Un altro monumento importante che gli antichi romani chiamavano "Senaculum" sorgeva dove oggi è la chiesa di S.Silvestro: lo aveva fatto erigere Eliogabalo per soddisfare l'ambizione legislatrice di sua madre Semiamira ed era un gran salotto dove si riunivano le matrone della "Roma-chic" per dettare leggi sulla moda, dai tessuti al taglio dei capelli, dai trucchi per la pelle al comportamento sociale.

E' molto probabile che il nome del rione derivi dalla Colonna di Marco Aurelio che ancora oggi si erge maestosa al centro di piazza Colonna.

Durante il Medioevo la zona centrale del rione, quella che si raccoglie attorno a via del Corso, fu modestamente abitata, fino all'incremento edilizio di fine Cinquecento voluto dai papi Gregorio XIII e Sisto V.

Colonna fu nominato III rione di Roma il 18 maggio 1743, con chirografo di papa Benedetto XIV.